我来详细回答你吧，我是全机种玩家，合金1234全通。
1、我个人观察，最后一战中，山猫露出的手臂就是个普通的***肢，根本不是人类的手臂，可见山猫根本就没有移植李逵德的手臂。
2、山猫没有移植李逵德的手臂，所以根本不存在什么“意志被手臂占据”的说法，但是其意志的确是李逵德的。为什么呢？因为山猫忠实的崇拜着大统领，他为了实现大统领的愿望，甚至通过催眠术和心理暗示（暗示他的***肢其实是李逵德的），把自己当做了大统领的儿子——李逵德。应该说山猫的意志和李逵德的意志是并存于体内的。当然这种暗示达到的效果只能是山猫本人认为自己就是李逵德，他的认识层面、所知道的事情其实还是山猫自己的，至于临死前，山猫将自己的意志表露出来了，才说出那句口头禅。
3、你说的对，山猫是故意让老蛇摧毁系统的。摧毁系统可以实现大统领的“世外天堂”，就算老蛇没有成功，山猫也可以通过爱国者之枪实现自己的目的。应该说无论怎样，山猫都是赢家（可怜的老蛇，一直被利用）。
4、山猫之所以寻找控制pmc的方法，以及劫持耐奥米，一是为了引老蛇出动，实现第三条说的目的。这就是为什么山猫有好几次机会，但是都没有杀老蛇。当然如果老蛇不理他或者行动失败，他也可以利用“爱国者之枪”，实现自己的目的。因为他有耐奥米，劫持耐奥米的目的就是为了控制爱国者的整个ai系统。有理由相信耐奥米最后所作的那个删除整个JD的程序，其实山猫早就知道，耐奥米本人也许不知道山猫知道，这就是山猫为什么劫持耐奥米的原因，因为控制或者删除整个爱国者之子，正是实现“室外天堂”的两个方法。山猫真是先知啊！为了实现“世外天堂”，山猫不择手段，***也是正常的。
5、山猫绝对知道他找到的不是大统领的身体，因为耐奥米之前见过大统领（最后剧情交代了），并对大统领说了她和山猫所作的一切。由于耐奥米之后一直到死都是和山猫在一起，所以有理由相信山猫肯定由耐奥米处了解到了真正的大统领的所在，所以山猫在欧洲寻找的只是大统领的克隆体，就是2代的总统。但是由于找到的是最完美的克隆体，所以对“爱国者之枪”也有利用价值，但是用完后，山猫就不屑一顾的烧了它。无论是山猫还是李逵德，都不会做出烧大统领尸体这样的事情，因为他们都是为了实现大统领的愿望而奋斗的忠实追随者。
6、是的，而且是老蛇激活了她体内的病毒，呵呵，不然她不会死的那么快。
7、耐奥米当着老蛇的面和梵普那么亲近我个人估计一方面是为了***老蛇，因为耐奥米内心其实还有点恨老蛇，原因见1代。而老蛇之前一直对耐奥米也不怎么喜欢。另外一方面是为了伪装自己，毕竟老蛇看样子不行了，如果梵普胜利了，自己还要继续和他们混呢~
以上是个人的一点拙见，全手工打造，希望给楼主提供一点帮助，如果有不同看法，可以留言给我。
先说一下最终明奇版特有的地方：
赏金系统：每个城镇都有这种没装门的房屋，可以进去领杂兵赏金，金额=你之前消灭的杂兵数量*1G，领取方式是站在白色图块上即可，并不需要跟里面那个人对话。
夜晚系统：每隔一段时间进入黑夜系统，症状是全部图块都变成深色调（好像天黑了一样）遇敌率大幅上升，解决方法是把金钟调到1，然后切换一下地图。
飞机系统：飞机在帕鲁山洞入手，乘上或牵引飞机即可在大地图穿墙行动（部分图块不能穿，绕过即可）。
剧情开始！！！！！！
镇名由拉多变成了马多，家里有扳手（万能钥匙）记得拿。
来到奥多，打听到最强人类武器——卫星炮，不过入手卫星炮需要先搞到再生丸，卫星炮在帕特港最西面的房间，卫星炮攻800。
红狼在无歌村，可以开走他的坦克。
来到索鲁镇，进入下水道杀掉异形鳄+戈麦斯。
在索鲁大楼楼顶可找到No.5，里面有个传真务必拿着，不然出楼之后战车会被困住（可用飞机解)
从伊甸前往塔镇，大瀑布小屋消失了，戈麦斯早就***掉了，红狼一直呆在无歌村也不可能会死。
来到卡拉，途中发现森林中的工厂就在阳光底下，似乎没有山火了。到了卡拉也发现，关于山火和比米的情报都消失了。
还是一样先去工厂找No.8，工厂的路线、埋藏宝箱跟之前都差不多。
新增加剧情！！！
去大鸟地图找挖掘人，买铲子过后就可以进塔玛之墓。
最后向着地狱门进发吧。我们先去一炮带走帕鲁，在帕鲁山洞第二层女NPC处可以打听到飞机的情报，飞机应该就藏在这山洞。
打败帕鲁之后。
至于尼娜，如果开着狼车前来，尼娜会跑到无歌村去；如果没开狼车，尼娜会呆在原地等红狼，总之都不会死啦，也不会影响红狼入队。最后在无歌村红狼背后的小屋能找到尼娜，尼娜换上了一身红衣裳。在尼娜的房间能找到地图。
不要忘记飞机！在帕鲁左面的山洞可以找到飞机（No.3改的），飞机根本开不出去，而且也没有传真？不要着急，先回到马多***，站在右下角的图块调查一下，飞机马上就会被传送回来。只要飞机在队伍中（乘上/牵引）队伍就会获得在大地图穿墙的能力，山峦、湖泊、海洋都可以穿，不过像树林、沙砾等不能穿，绕过它们就好。
终于到了进军地救中心的时刻，直接冲进去就好。通往诺亚中心的通道呢？看来诺亚中心也搬家了，可是现在回塔玛之墓，那里还是空空如也，问题到底出在哪呢？还记得地救中心那四门巨型炮么，上去干掉它们！位置与MM1的相同，四门都打掉后，塔玛之墓的秘密通道就会出现了(嘻嘻)，去塔玛之墓，一路被流沙冲到四路岔口，走v100那条，之后会来到一片迷宫。注意，如果你选择了其他道路，在迷宫尽头可能会进入一个死循环房间，这是一个恶性bug，只要带着传真就好，可以随时用传真脱出。走出这片迷宫，会来到另一个迷宫，BGM会变成诺亚之战的，关于这两个迷宫的走法(非常的绕，还请自己百度***走法)！！！
走出迷宫后，就是与明奇+诺亚的最终之战了。
打完之后，明奇启动自毁程序，主角一行被传送到某地穴，离开地穴后，会直接跳转到游戏伊始时的场景，主角被父亲赶出家门，遭遇明奇——进入多周目模式。
也就是说，生生死死无限循环，跟MM1一样永远没有结局。多周目开始时，战车、装备、金钱、等级等均保留下来，赏金首会全部刷新，虽然现在的实力弄死开场的明奇轻松+愉快，不过打死明奇之后，发现又循环到了游戏开场场景，于是也只好下车***了。多周目每次击败明奇，人物强度右上角的星标数目会发生改变。
这就是简略版攻略，结局依旧是隐退。
首先扫下盲！最终BOSS不是liquid而是山猫。
战斗分四个阶段：MGS1里的***山猫 MGS2里的沙拉沙斯卡 MGS3里的青年时代里的***山猫 MGS4里的利奎德山猫
L1是防御、R1是攻击，X配合方向键是迅速移动 其它的跟平时一样
每一个阶段变化山猫的动作越灵敏越狡猾
第一阶段的打法没什么技巧
第三阶段就要注意了！山猫变得异常灵活！找好时机用QTE组合拳无限的连下去。。
最后阶段只是按R1就可以了。。。
P.S.
双击X键可以进入第一人称视角
以命令行的方式开始游戏（即快捷方式后加上参数 -cheatenable），这样以后在游戏中你就可以按下以下的秘技键了：
F2 无敌模式
F4 ***无限
F5 普通视角
F6 观察视角
F7 快速重启关卡
F8,F9,F11,F12 贴图模式开关
隐藏秘密
A.通关后
1. 得到STEALTH***迷彩: 最后时救出博士(被拷问时按SELECT放弃)。
2. 得到BANDANA无限***: 最后时救出Meryl(被拷问时硬扛——连按'Action')。
3. 得到CAMERA照相机: 通关前取得照相机。
4. 若第一及第二次分别救Meryl及Otakon博士，第三次遇到忍者时……（他换衣服了）
5. 在分别救Meryl及Otakon博士后，第三次翻版时ENDING会是新的MUSIC！（动感十足）。
6. 获得最高评价BIG BOSS(大老板？):在不使用雷达的情况下被发现次数小于4、杀敌数25人以下、压缩饼干使用小于1、在3小时之内翻版、不能接关！ 心语：这才是007类的SPY！
7. 翻版后看特别模式，增加了一个主观模式。 心语：难控制 :( 连按'X'2次进入主观模式， 之后连按'X'2次退出。附:捡东西时一定要趴下!
8. 不是心得的心得: 翻版后敌人的位置会改变.
B.一些细节
1. 在和WOLF狙击手对决的通道里，连续射杀水管上的老鼠会有漂亮的MM骂你！内容自己看吧！！若连续杀死2只乌鸦，Roy Campbell会CALL你！！！
2. 闹剧:在卡车上躲在箱子里,忍几秒!你会被运到箱子上所写的地址!!!
3. 在医务室被关时, 当逃走后不要打死那个士兵, 让他跟着你到电刑室. 他会因为'肚子问题'上厕所,这时你去敲厕所门,看看他的反应!!!
4. 在接受Revolver Ocelot的拷问时忍耐5次，等待忍者来搭救，逃出牢房后所有武器***全满!
5. 装备STEALTH***迷彩拖着敌人可以进入要CARD KEY的房间.
6. 神秘电台: 140.07---制作人员的密语. 140.66---在峡谷、连接通道、雪原拨通，可以听到怪声！！！！ 141.52---武器专家.
7. 金刚不坏之身:当然不是说你! 是一只狼!在玩DISC 2后回到之前埋葬狙击手的地方.那里有只小狼,它是不死之身!有兴趣拿它练练枪法!好象狼窝里也有一只!?
8. 若是连续3次呼叫美铃并且不存档，她会生气大骂，第4次她的表情会因生气而表情及态度有所变化。
9. 在对抗忍者时，若敲打博士躲藏的柜，可听到博士的惊叫声。
10.以前拿过的消耗道具，只要切换画面3次以上道具就会重生。
C. 与Meryl的小插曲!(绝对有趣)
1. 在进入牢房时通过通风口偷看Meryl锻炼身体，若此时出去再进来动作不同了!(6种)
2. 在Meryl进厕所时,你要是在3秒钟之内尾随进入的话......... (她竟然...自己看吧!)
3. 与Meryl一起时，打她一拳!猜猜后果?——她会回敬你一个'五指山'.(好狠的女人!)
4. 与Meryl一起时按住'三角形'以主观视点'死盯'她，她会.....害羞，继续的话嘛!她还会说些不好意思的话.一定要离的近!! (好乖的女人!)
5. 当Meryl被催眠时(没进入房间),按'三角'可变成她的视角,进入房间后会变成Psycho Mantis的视角。
6. 通过狼窝时,先打Meryl一拳,然后立刻躲到箱子里，这时小狼就会在箱子上撒尿(蔑视)，以后就可以躲在箱子里安全的通过狼窝了.
7. 当Meryl带领通过地雷区时，若怕踩到地雷可用红外线热感应装置(THERM.G)趴著通过顺便回收地雷。
