最后的结局是动画结局，同时也是游戏的True End
首先凶真将发送的D-mail一条一条消除，回到了找到IBN5100的世界线（α世界线），然后将SERN资料库中凶真发送的第一条D-mail的记录删去，回到了最开始的助手死亡的世界线（β世界线）。这时阿万音铃羽从未来来到现在，帮助凶真回到他发现助手尸体的时间，欺骗过去的自己，让过去的自己以为助手死了（实际上助手只是昏迷了），于是在没有改变过去的情况下，凶真改变了未来。从β世界线到达了唯一的世界线:Steins Gate世界线。在这条世界线上真有理和助手都活了下来，未来也没有出现时间机器。
这个结局可以说是比较美好的了
结局：如果回到β世界线上就会死的红莉栖也沉浸在纠结之中，但她知道真由理在伦太郎心中是多么的重要和无法替代，劝说伦太郎拯救真由理（即进行世界线跳跃），觉察到心意的伦太郎于红莉栖表白，红莉栖在伦太郎表明心意后与伦太郎深情相拥。
后来，伦太郎进入β世界线后，为了阻止第三次世界大战的发生，与从未来回来的桥田至的女儿阿万音铃羽一起回到过去的广播馆拯救红莉栖，却发现是自己阴差阳错之下杀了她。再度崩溃的伦太郎见到了未来的自己发来的信息，原来让自己失败一次也在之内；
是为了进入“拯救红莉栖失败了一次而开始制造时间机器”的世界线从而得到制造成功的自己的研究成果。 后伦太郎再次回到过去，还原场景但保住红莉栖的性命，最终在不改变原因的情况下改变了结果，摆脱了世界线的收束，谁都没有死亡，故事也就此结束。
扩展资料：
《命运石之门》剧情简介——
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。?2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。
让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。?这一切都是命运石之门的选择。
最后结局两个人都没死。
α世界线是真由理死，β世界线是助手死，但是真正的结局是凶真使用欺骗整个世界的方法拯救了助手，真由理也没死，最后凶真和助手在一起了。可以说是进入了α和β以外的世界线了。这是游戏的真正结局，相信动画也是走这个结局的。
详细的就不说明了，动画还有几集就完了，耐心看完吧，被我剧透光了就没意思了。
这个动漫是由同名游戏改编的 .
有6个结局
1 菲利斯END （虚像歪曲的劣等复合）
2 硫华子END （自己相似的具有）
3 麻由里END （透明的星屑）
4 玲羽 END （形而上的坏死）
5 红莉栖END （因果律的融解）
6 TURE END （境界面上的命运石之门）
动漫走的是TRUE END
4.5.6都可以在影像版中看到
5和6结局没多大区别
区别就是 一个完整一个不完整
在影像版第32/33中第一次放staff的时候之前就是5结局 后面就是6结局
其他的可以去看百度命运石之门吧
下面是其他结局的说明
没汉化的日语原版可以去看我贴吧的帖子
1菲莉丝End
不想象抹杀铃羽那时的回忆一样，伦太郎无法「杀掉」菲莉丝父亲。在找寻其它可能性的伦太郎在改变过去后来到了全新的世界线X。在这世界真由理、桶子与红莉栖全都不认识伦太郎这位人物，「未来道具研究所」亦不曾存在，唯一仍与伦太郎保持着关系的只有作为他恋人的菲莉丝一人。只剩下一人的伦太郎也无法再次进行时间跳跃与发送D-Mail，最后决定忘记过去的一切与菲莉丝两人生存下去。
这章的感觉其实很奇妙，在上一章抱着觉悟抹杀掉跟铃羽的回忆来到这里，却强迫要协助菲莉丝得到雷NET比赛的冠军，然后还再来一次非常老套的LOVELOVE爱的大逃亡。整个气氛就是完全不搭。另外就是为甚么菲莉丝的父亲可以回避死亡而真由理不能，如文初所说个人比较接受伦太郎为世界观测者的说法，因为菲莉丝没有告诉伦太郎他们自己发送的D-Mail内容，伦太郎也就无法观测到世界的改变，所以菲莉丝的父亲才能捡回一命。(另一说法则是世界线的收束并不一定指人的生死，而是飞行事故一定会发生，而菲莉丝的父亲会不会牵涉其中是在收束范围之外)
菲莉丝的结局倒是有点意思，有些选择是无法挽回、不能重来的。「不做会后悔没尝试，做了会后悔当初的决定。」这种选择也是存在的。在这种情况下只能说后悔对现状并没有任何益处。光是顾着回望过去的人只会被前面路上的石头所绊倒。人生本身就不是一条平坦的路，唯有接受那份伤害，人才能走得更远。
2琉华End
不想象铃羽与菲莉丝那样消去这段回忆的伦太郎选择逃避，真由理如期死亡。无论是伦太郎或是琉华都被自己的良心责备。在红莉栖的劝说后伦太郎再次接触琉华，两人决定在帮真由理完梦后(让琉华穿上真由理的COSPLAY服)两人背着着罪生活下去。
选择有时背负着重大的责任在其中。譬如说，提出交往的请求。若果对方答应了，就不能再只是考虑自己一个，而是需要选择两个人都能得到幸福的方式生存下去。(当然，交往后仍只想着自己的人倒是大有人在)就像我常常说的，世上的善恶等价值观都只是人类自己加诸在其上的定义，本身是没有好坏之分的，对错亦不需要由旁人来决定。最重要的，是自己所做的决定自己能够负责，这样就够了。
3真由理End
没达到一定条件就会到自动进入真由理结局。无法选择的伦太郎再次选择逃避，感到怪异的红莉栖找到伦太郎并知道了要救活真由理自己就必需从世界上消失。这时的红莉栖没有悲伤，亦没有很乐观的接受自己的死亡，只是用平常的语气跟伦太郎谈论世界线的跳跃只是伦太郎本身的主观视点，就算他真的跳跃到世界线1自己亦可能活在世界线2里也说不到，加上红莉栖亦希望救活真由理而又实在没有两人同时得救的方案，最后伦太郎只能遗憾的告诉红莉栖自己实在没有能力救她，回到研究所等待明天重置世界的伦太郎遇到真由理，在真由理要求下告诉了她全部事情，并与真由理一起跟起程回美国的红莉栖道别。伦太郎他们成功改变世界回到世界线1，为免再次发生伦太郎把电子烤箱(暂称)跟IBN5100都解体后抛掉。而在这件事中伦太郎亦明白真由理对自己来说是无比重要，真由理也终于由「人质」转职成为「恋人」。
基本上个人对真由理没爱，虽然是二号女主角但她的存在感异常薄弱。只是对真由理知道真相时那句「我就像个蠢材一样，大家都在为真由理拼命苦恼的时候自己却仍然只顾着做COSPLAY服。」印象深刻。不过在最近旅行回来后，却又觉得真由理跟伦太郎这一对其实是蛮合适的，厨二病跟天然呆说不定反而更能幸福快乐生活下去。
《命运石之门》结局如下：
之前的失败是为了成功的准备，根据未来的提示冈部终于找到了拯救红莉栖的方法，那就是在不改变过去既定事实的基础上欺骗自己，欺骗世界。
再次回到事发当天的他成功的实施了，他用自己的鲜血营造出红莉栖遇害象，而中钵博士所抢的论文也被烧毁，世界终于进入了他所期待的命运石之门。
《命运石之门》剧情简介：
舞台是2010年夏的秋叶原。
无法摆脱中二病的大学生冈部伦太郎，成立了“未来道具研究所”，每天都生产出用途不明的发明。但是，某日，偶然间发明出可以把电子讯息传送过去的时间机器。
抑制不住对世纪发明的兴奋，纯粹由于感兴趣而不断对过去进行干涉。结果，席卷世界的大悲剧降临在冈部等人的身上。
为了避免悲剧的发生，冈部的孤独的战斗开始了。
而他到底能否克服命运呢！
一个真结局加五个人物结局。
相关介绍：
1、真结局：
冈部到达β线后，和这条线的铃羽会面。铃羽将未来冈部提出的作战告知他，让他坐时间机器回到7.28救助手。
结果到达7.28后冈部发现血无法使用了，最后他站出来挑衅助手她爸，被捅了一刀，铃羽把重伤的冈部带走，回到原来的时间点，冈部住院几个月后，在秋叶原的街道与前来向他道谢的助手重逢。
2、助手结局：
冈部知道拯救真由理必须牺牲助手之后非常犹豫，被助手推了一把。二人确认感情，助手按回美国。
3、真由理结局：
真由理被告知为了救自己助手就要死，然后去找了助手，最后冈部删除最初D-mail的时候助手没出现。最后在β世界线，冈部打算永远记着助手，和真由理一起活下去。
4、铃羽结局：
冈部不愿意消除和铃羽成为朋友的回忆，也不愿意看到真由理的死，于是在8月11-13之间无限LOOP。在LOOP无数次之后，冈部的内心发生崩坏，最后冈部告知了铃羽她一旦回到15就会失忆然后***的事，铃羽最后决定和冈部一起回去，冈部和铃羽一起登上时间机器，剧情就到此为止了。
5、琉华子结局：
冈部最后不愿意再牺牲回忆，最终真由理死在了CM会场。琉华子责问冈部为什么不救她，于是冈部把实情告诉了琉华子。最后琉华子和冈部一起背负着这个罪孽活下去。
6、菲利斯结局：
冈部没有选择牺牲菲利斯父亲来救真由理，他发出了一条全新D-mail。世界线变动率变为负值。在这条全新世界线上，菲利斯与冈部是情侣，菲利斯的父亲、真由理、包括助手都没死，但是冈部的人际关系发生了巨大变化。
